Впервые этот музей был открыт в девяностых годах прошлого века, тогда ещё в его названии красовалось слово «атеизм». Музейная выставка располагалась в нынешнем православном монастыре. По мере того, как мы с товарищами из Польши изучали  зала за залом, недовольство и ярость заместили рефлексия и медитация. Первоначально мы не могли сориентироваться, как можно было отнять эти святыни у верующих, но потом мы поняли, какие великие силы стоило приложить, чтобы работникам музея собрать это всё вместе. Длительное время мы тогда не могли отогреться под тёплыми лучами летнего солнышка, и не только холод монашеских кельи был тому обстоятельством. От одной мысли о том, что любой экспонат здесь облит слезами, а нередко и кровью ни в чем невиновных людей — священников, монахов и монахинь, светских служителей Церкви и простых прихожан — делалось не по себе. Так было тогда, а сейчас…

Сегодня в музее трудятся 10 научных сотрудников, которые опекают  80 тыс. экспонатов. В 80-е годы они начали проводить Дни мастеров, концерты камерной и духовной музыки, Рождественские и Пасхальные встречи, многочисленные благотворительные акции для детей-инвалидов, сирот, а также престарелых и одиноких граждан.

Уже около 15 лет здание музея находится на реставрации, что послужило развитию активной передвижной деятельности музея.